文部科学省は2020年5月27日、新型コロナウイルス感染症に対応した小学校、中学校、高校および特別支援学校などにおける教育活動再開後の児童生徒に対する生徒指導上の留意事項について、教育委員会などに周知するよう依頼した。
5月25日に緊急事態宣言が解除され、小学校、中学校、高校および特別支援学校などにおける教育活動が再開されつつある。文部科学省は、児童生徒に対する生徒指導について、自殺予防や不登校、虐待、差別・偏見といった点に留意し、感染防止対策を徹底したうえで、必要な措置を行うよう教育委員会などに通知している。
自殺予防については、学校に対して、保護者、地域住民、関係機関などと連携し、児童生徒の自殺予防に向けた取組みを積極的に実施するよう求めている。児童生徒、保護者との連絡を密にし、児童生徒の心身の状況の変化や違和感の有無に注意すること。自殺を企図する兆候がみられた場合には校長など管理職に相談・報告し、チームで対応するよう求めた。教育委員会に対しても、インターネット上で自殺をほのめかすなどの書込みを早期に発見するため、学校再開の前後におけるネットパトロールを平常時よりも強化するよう求めている。
不登校については、学級担任や養護教諭などを中心としたきめ細かな健康観察やストレスチェックなどを行い、児童生徒の状況を的確に把握すること。スクールカウンセラーなどによる心理面・福祉面からの支援（社会福祉サービスの提供など）など、校長のリーダーシップのもと、さまざまな専門スタッフと連携協力し、組織的な支援体制を整えるよう要請。学習に対する不安を軽減することは、新たな不登校を生じさせないためにも重要だとし、適切な対応をお願いしている。
新型コロナウイルス感染症に関連し、海外から帰国した児童生徒、外国人生徒、感染者、濃厚接触者、医療従事者などとその家族に対する偏見や差別につながる行為は断じて許されるものではないとし、アンケート調査などを行って悩みを抱える児童生徒の早期発見に努めるようお願いしている。また、「マスクをしていない」「咳をしている」「登校時の検温で熱がある」「医師の指示により出席を控えている」などの児童生徒への偏見や差別や生じないよう、配慮を十分に行うよう求めた。
